วัดปัญญานันทาราม ได้รับการยอมรับว่ามีความโดดเด่นในการใช้กระบวนการบูรณาการศาสนธรรมเข้าสู่การศึกษาในทุกระดับ ตั้งแต่โรงเรียนถึงมหาวิทยาลัย เช่น ใช้ศีลธรรมผ่านการจัดกิจกรรม “ค่ายพุทธบุตร” “ค่ายพุทธธรรม” ด้านประชาชนและข้าราชการซึ่งอยู่ในวัยทำงานและผ่านการใช้ชีวิตมาพอสมควร จะนำหลักธรรมหรือหัวข้อความรู้ทางพุทธศาสนาทั้งหมดมาบูรณาการเพื่อนำไปใช้ในการดำเนินชีวิต เรียกว่า “ค่ายคุณธรรม” โดยมีการจัดกิจกรรมต่างๆ ดังนี้

1. จัดโรงเรียนเข้าสู่วัดด้วยการอบรมคุณธรรม“ค่ายพุทธบุตร” ระยะเวลา 2 คืน 3 วัน ถึง 10 คืน 11 วัน
2. จัดมหาวิทยาลัยเข้าสู่วัดด้วยการอบรมคุณธรรม “ค่ายพุทธธรรม” ระยะเวลา 2 คืน 3 วัน
3. จัดหน่วยงานองค์กรต่างๆ เข้าสู่วัดด้วยการอบรมคุณธรรม “ค่ายคุณธรรม” ระยะเวลา 2 คืน 3 วัน ถึง 6 คืน 7 วัน
4. จัดการทัศนศึกษาธรรมโดยนำโรงเรียนและองค์กรต่างๆ เข้าชมวัดและศึกษาธรรม
5. การจัดวัดเข้าสู่โรงเรียน ด้วย “พุทธศาสนา 1 วัน ในโรงเรียน”
6. จัดมอบทุนการศึกษาแก่พระภิกษุ - สามเณร “สร้างศาสนทายาท” เป็นประจำทุกปี
7. การจัดวัดให้เป็นสมบัติของพุทธบริษัท 4 โดยจัดบริเวณวัดให้มีเขตพุทธาวาส (อุโบสถ) และเขตสังฆาวาส (พระภิกษุ แม่ชี อุบาสก อุบาสิกา) อย่างชัดเจน
8. จัดโรงเรียนพระปริยัติธรรมทั้งแผนกธรรมและบาลี ให้สัมพันธ์กับชีวิตจริงตามหลักศาสนา คือ ปริยัติ ปฏิบัติ ปฏิเวธ ฝึกแบ่งปันเอื้อเฟื้อเผื้อแผ่ วันพระและวันอาทิตย์ มุ่งพัฒนาตนเองด้วยกระบวนการไตรสิกขา
9. การจัดสื่อธรรมะต่างๆ เผยแพร่ เช่น เทป , ซีดี , จัดพิมพ์หนังสือ ได้แก่ วารสารประจำวัดปัญญานันทาราม “ปัญญาสาส์น”, ประกายแห่งปัญญา เล่ม 1 - 9 , หนังสือธรรมะฝ่าวิกฤต , ธรรมในสวน , พระพุทธศาสนาให้อะไร, หลักธรรมแห่งความสุข ฯลฯ
10. จัดทำชุดฝึกอบรม หลักสูตร การจัดฝึกอบรมคุณธรรม “ค่ายพุทธบุตร ค่ายพุทธธรรม”
11. จัดทำแนวการสอนพุทธศาสนาร่วมสมัยโดยวิธีการสอนแบบสัมมนาเรียกว่า สัมมนาพระพุทธศาสนา ตามหลักสูตรขั้นพื้นฐาน 2544
12. จัดอบรมพระและครูวิทยากรประจำค่ายพุทธบุตร ค่ายพุทธธรรม ตามหลักสูตร การจัดฝึกอบรมคุณธรรม “ค่ายพุทธบุตร ค่ายพุทธธรรม” ของวัดปัญญานันทาราม
13. จัดทำหลักสูตรการฝึกอบรม เพื่อเสริมสร้างสมรรถนะเฉพาะวิชาชีพ ครูผู้สอนพระพุทธศาสนาในโรงเรียนระดับการศึกษาขั้นพื้นฐาน
14. จัดอบรมครูผู้สอนพระพุทธศาสนาในโรงเรียนระดับการศึกษาขั้นพื้นฐาน
15. จัดทำโครงการ Bomb to Bell: สันติสุข สันติภาพในโรงเรียนวิถีพุทธ
16. จัดตั้ง “พุทธอาสา” ทำบุญไม่ผ่านเงิน
17. จัดทำโครงการวัดวิถีพุทธเฉลิมพระเกียรติ และเปิดวัดวันอาทิตย์
18. จัดทำโครงการอุปสมบทหมู่ ประจำเดือน
19. จัดตั้งสถานีวิทยุกระจายเสียงพระพุทธศาสนาวัดปัญญานันทาราม FM. 97.75 Mhz. “คลื่นสีขาวของชาวพุทธ”
20. การจัดกิจกรรม "มัคคุเทศก์" ของสามเฌรโรงเรียนพระปริยัติธรรมพระราหุล
21. การบรรพชาสามเณรภาคฤดูร้อน